Каковы требования к имени области Kerberos?

Предполагая, что ваш файл содержит по одному файлу на строку, вы можете сделать такую ​​уродливую вещь:

tool="cgatools join --beta --match <specification> --overlap <overlap_spec> --select <output_fields> --always-dump --output-mode compact --input"

{
    read -r filename
    cmd="cat \"$filename\""
    while read -r filename; do
        cmd+=" | $tool \"$filename\""
    done
} < file_of_filenames

cmd+=" > output_file"

echo "$cmd"
eval "$cmd"

В документации сказано, что если задан только один входной файл, другой файл читается из стандартного ввода, и если параметр --output не указан будет использоваться стандартный вывод.

непроверено, но это тоже может сработать (bash)

# declare the cgatools command with options
# stored in a shell array.
cga_join=( 
    cgatools join --beta 
                  --match "specification"
                  --overlap "overlap_spec" 
                  --select "output_fields"
                  --always-dump 
                  --output-mode compact 
)

# the entry point to the join process
# shift the first argument off the list of arguments, and
# pipe its contents into the recursive call
call_join() {
    local first=$1
    shift
    cat "$first" | call_join_recursively "$@"
}

# recursively call "cgatools join"
# input will be read from stdin; output goes to stdout
# if this is the last filename to join, pipe the output through "cat"
# otherwise pipe it into another call to this function, passing the 
# remaining filenames to join.
call_join_recursively() {
    local file=$1
    shift
    local next_command=(cat)
    if [[ $# -gt 0 ]]; then
        next_command=( "$FUNCNAME" "$@" )
    fi
    "${cga_join[@]}" --input "$file" | "${next_command[@]}"
}

# read the list of filenames to join.
# stored in the "filenames" array 
mapfile -t filenames < file_of_filenames

# launch the joining, passing the filenames as individual arguments.
# store the output into a file.
call_join "${filenames[@]}" > output_file