Есть ли C API для получения контекста файла SELinux?

На сервере1:

find . -type d -printf '%p\n%m\n' >dir_list

Передайте файл dir_list с сервера1 на сервер2 как считаете нужным.

На сервере2:

while read -r filename; do
    read -r perms
    mkdir -p "$filename"
    chmod "$perms" "$filename"
done <dir_list

Это создаст все каталоги, принадлежащие пользователю, с которым вы работаете, как на сервере2. Смена владельца не может быть осуществлена без суперпользователя.