Попробуйте:
$ (cd dir1 && md5sum *) > checksums
$ cd dir2
$ md5sum -c ../checksums
контрольные суммы
содержимое будет выглядеть так:
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e file1
................................ file2
................................ file3
................................ file4
................................ file5