Да, необходимо было бы использовать "недолю" вместо этого (или а также) chroot; chroot ТОЛЬКО изменяет корневой каталог процесса. В то время как трудно на практике добраться до чего-либо, что является выше его, существует много способов вспыхнуть. Это не тюрьма.
Существуют некоторые инструменты, которые делают это, такое как "lxc" (контейнеры Linux)
Проверьте присутствие и права для ~/.viminfo. Обычно вот именно, который сохраняет историю команд, положения редактирования файла, и т.д. Один возможный случай - то, что этот файл принадлежит корню.