Вы не делаете! Необходимо установить заголовки Linux (если я вспоминаю правильно, пакет является linux-headers-generic). Файл, который Вы ищете, там. Это make
команда необходима, если Вы создаете ядро из источника, и уже не установлен в Вашей системе.
Просто предположение: Возможно, чашки начинают, прежде чем Ваш дом смонтирован?
Возможно, если Вы перезапускаете чашки на rc.local как последний процесс, или даже после входа в систему с sudo-командой?