Удаление последней кодовой фразы делает контейнер LUKS постоянно недоступным.
Это свойство, присущее конструкции LUKS. Каждый слот ключа содержит действительный ключ шифрования, обернутый ключом, полученным из ключевой фразы. Если не осталось слота, содержащего обернутый ключ, то копии ключа больше нет.
Боюсь, вам придется восстанавливать данные из резервной копии.