Я пробовал использовать различные программы для чтения PDF в убунту . Некоторые дают аннотации и он не сохраняется в файле напрямую, использует некоторый механизм. Вот почему ваши заметки, основные моменты сделаны в окуляр не может быть просмотрен в другом PDF зрителя. Лучше всего установить Foxit Reader вместе с вином.
Насколько мне известно, нет родного приложения в убунту, которые могут аннотировать PDF
.Более новая версия Okular (20.12.3 в моем случае )корректно аннотирует и аннотации можно просматривать любыми другими внешними программами.