Файл .sh не может быть выполнен, явно не звоня sh

Можно использовать xargs:

 cat /path/to/file | xargs apt-mark auto

Это должно работать, если существует одно имя пакета на строку в текстовом файле /path/to/file.

Другая опция состояла бы в том, чтобы использовать для цикла:

 for pkg in `cat /path/to/file`; do apt-mark auto $pkg; done

Второй путь мог бы быть полезным, если у Вас есть подобная проблема, где команду нельзя назвать со списком параметров, но необходимо назвать его однажды для каждого параметра, который Вы имеете. Но в Вашем случае дело не в этом изящный, конечно, … :)

Btw я предполагаю, что Вы используете удар.

Примечание: В моей системе apt-mark --help говорит:

Usage: apt-mark [options] {markauto|unmarkauto} packages...

И также:

apt-mark is deprecated, use apt-get markauto/unmarkauto.