rsync может сделать это.
rsync --ignore-existing <src> <dest>
Можно выполнить также различные виды обновлений. Просто взгляните на страницу справочника.
Если Ваша цель состоит в том, чтобы действительно "обнулить" диск, то я поставил самое быстрое, которое можно получить, должен выпустить безопасное использование команды стирания низкого уровня hdparm
(см. здесь для пошаговых инструкций).
Примечание две вещи:
hdparm
страница справочника ярко указывает, операция "ОПАСНА".