Каталог копии с SCP

Если ваши данные теперь находятся на флешке USB, то эти данные не будут тронуты при установке Ubuntu на жесткий диск.

После загрузки с жесткого диска просто вставьте USB-накопитель и вытащите данные с него в новую учетную запись на жестком диске.

Если по какой-то причине это невозможно, то есть альтернатива, которая обязательно сработает: загрузитесь в последний раз с USB, смонтируйте новый отформатированный раздел Linux на жестком диске и скопируйте данные с USB-накопителя на жесткий диск в таком виде.