Вы не можете преобразовать, но можете переформатировать раздел. Загрузите в Ubuntu или с живого компакт-диска и отформатируйте раздел оттуда. Будьте осторожны, чтобы не отформатировать неправильный раздел.
mkfs.ext3 /dev/hdx1
Попробуйте XVFB, это сервер X11, который работает без экрана и работает с кадром. Все программы и коммунальные услуги X11 работают с XVFB.