dpkg-r рассматривают зависимость между приложениями?

Проблема в том, что путь чтения . В то время как одна строка создает переменную $path, следующая устанавливает ее снова пустой:

## This line will set the $path variable.
path=$(php -i|grep php.ini | awk 'NR==2{print $5}')
## This one expects to read the value of $path from standard input 
## so it sets it to empty unless input is given.
read path

Вы можете протестировать это, добавив echo "$path" после 17 строки, а также после read path. Вы увидите, что вторая печатает пустую строку. Вы также увидите, что проблема в сообщении об ошибке:

./ioncube.sh: line 17: : File or folder doesn't exist
                     ---
                      |---------> this should be the file name

Так что просто удалите строку read path.