Это возможно, да. Вам нужно передать init=/bin/sh
в ядро и вы должны помнить, что rootfs, скорее всего, будет смонтирован ro после этого.
Для непосредственного запуска вашей программы вам нужно сказать ядру, чтобы оно вызвало её после настройки аппаратного обеспечения, но учтите, что обычное пользовательское пространство не будет доступно для вашей программы.
Кроме того, возможно, обнаружение нелипких окон подойдёт вам по счету. Прилипающие окна - это окна, которые отображаются на всех рабочих пространствах. Не знаю, работает ли это со всеми оконными менеджерами.