Cygwin, bash, изменить переменную среды?

Попробуйте следующее:

awk '{if($1>$2) print $2 "  " $1; else print $0;}' file1.txt file2.txt | sort -u > out.txt

это выведет:

x1  y1
x2  y2
x3  y3
x4  y4
x5  y5
x6  y6

awk просто переупорядочивает столбцы в алфавитном порядке, sort -u (уникальный) удаляет повторяющиеся строки.