Клонирование и повторное подключение SD-карты

Вы упомянули, что используете файловую систему FAT32. FAT, как и NTFS, являются FSes с нечувствительным к регистру. Я предполагаю, что драйвер делает заглавные буквы только для того, чтобы убедиться, что в dir с таким же именем (хотя и с другим корпусом) нет >1 файла.

Описываемая вами проблема существует уже некоторое время. См., например, эта резьба из 2008 г.

Я предлагаю использовать другой FS или использовать архивы TAR на дисках FAT/NFTS для сохранения корпуса.

.