куда в файловой системе сгенерированные пользователями системные сценарии идут?

Memdisk (это - то, что Вы используете, правильно?) работает путем замены дискового драйвера BIOS его собственным кодом, который изменяет копию в оперативной памяти вместо того, чтобы достигнуть вниз к диску. Загрузчик (Syslinux, Личинка или независимо от того, что Вы используете) делает работу загрузки изображения от диска, и это не остается в памяти, после того как Memdisk запустился.

Для возвращения изменений на диск необходимо было бы добавить, что диск и файловая система поддерживают к Memdisk. Это не невозможно в принципе, но это - значительное усилие по разработке, и я не знаю, что любой работает над ним.

То, что можно сделать, делают небольшой раздел FAT на диске, копируют образ диска на него перед перезагрузкой и копируют образ диска назад впоследствии, если Вы хотите, чтобы он сохранился.