chpasswd применяет изменения к каталогу chroot

внутри .pem есть раздел для личного ключа, вы можете просто взять его и поместить в файл .key (другой раздел будет в вашем .crt), затем у вас есть ваш .crt и ваш .key. Понятия не имею, можете ли вы использовать этот .key с ssh, хотя... я не понимаю, почему бы и нет... просто попробуйте назвать его соответствующим образом

скопируйте его на remotemachine и

yum remove VirtualBox-OSE
wget http://download.virtualbox.org/virtualbox/rpm/fedora/virtualbox.repo > /etc/yum.repos.d/virtualbox.repo
yum install VirtualBox-4.0 dkms
service vboxdrv setup