Где действительно превышает / системный монитор гнома получает свою информацию об использовании CPU?

От /proc.

В /proc/[PID]/stat у Вас есть статистика ядра о данном процессе.

Можно найти больше информации о приблизительно, что искать на файле статистики на этом предыдущем ТАК вопрос.

Я не уверен, является ли это разумное предположение, но вероятно текущее использование ЦП (100% - [использование CPU для неактивного процесса]).