Как я могу программировать vncserver для автоматической установки моих оболочек для меня?

Я не думаю, что существует прямой путь. Один способ получить данные, которые Вы хотите, состоял бы в том, чтобы получить доступ к дереву каталогов через виртуальную файловую систему, которая регистрирует доступы. Loggedfs является одной такой файловой системой, хотя я не знаю, может ли он показать все данные, Вы интересуетесь. (Если не это, вероятно, было бы скромное усилие по кодированию к тем данным.)

mkdir /tmp/replica
loggedfs /path/to/directory /tmp/replica
mycommand --root=/tmp/replica
fusermount -u /tmp/replica