Я могу только говорить на основе опыта, таким образом, он, вероятно, не охватывает проекты ваш размер. Я использую Код:: Блоки для разработки в C и C++.
Общее представление однако, состоит в том, чтобы сделать умное использование вещей как мерзавец, энергия, ctags, и т.д., и сохранить все развязанным к определенному IDE. Прием, чтобы не вынудить разработчиков использовать определенный IDE. Все на Вашем проекте должны использовать любой метод разработки и программы, которые они любят.
Что касается управления большим объемом файлов, позвольте файловой системе сделать задание. Используйте папки и описательные файлы, а также комментарии в Вашем коде.