В терминале может Вы не просто перемещать использование файлов и папка mv
команда?
$ find adir_.~1~/ -ls
10757186 4 drwxrwxr-x 2 saml saml 4096 Oct 14 23:54 adir_.~1~/
10370964 0 -rw-rw-r-- 1 saml saml 0 Oct 14 23:50 adir_.~1~/afile_.~1~
Теперь переместите dir + файл:
$ mv adir_.~1~/ adir
$ mv adir/afile_.~1~ adir/afile
И подтвердите:
$ find adir/ -ls
10757186 4 drwxrwxr-x 2 saml saml 4096 Oct 15 00:01 adir/
10370964 0 -rw-rw-r-- 1 saml saml 0 Oct 14 23:50 adir/afile
Для вещей suspend/hibernate/etc. просто получите логин-ингибитор. Этот логинд ингибирует работу shoul для большинства shutdowns, но вы можете обойти его в некоторых ситуациях, я думаю.