Как я могу растеризировать весь текст в PDF?

Проблема состоит в том, что Вы читаете файл с двумя экземплярами read - один для чтения имени файла другое для получения ответа. Следовательно read ожидание ответа ест каждое второе имя файла, и необходимо надеяться, что список файлов не похож:

some_throuwaway_stuff
foo
very_important_file.txt
Yes
some_throuwaway_stuff
foo

Ваш сценарий должен, вероятно, посмотреть что-то как:

#!/bin/bash
echo "Give directory to search for ASCII text files"
read direct
exec 3<&0
find "$direct" -type f |
while IFS= read -r name; do
    echo "========================================"
    if file "$name" | grep ASCII; then
        echo "----------------------------------------"
        head "$name";
        echo "----------------------------------------"
        echo "Do you want to delete this file?"
        read -u 3 want
        case $want in
            YES|Yes|yes|Y|y)
                rm "$name"
                ;;
            *)
                ;;
        esac
    fi
done

Заметьте перенаправление exec 3<&0 который будет питаться регулярный stdin к дескриптору файла 3, который затем проверяется в цикле на ответ от пользователя.

Тем не менее rm -i вероятно более оптимальный вариант.