Я могу безопасно удалить старые каталоги в своем корневом каталоге?
Исполняемый файл Java полагается на опцию, которая отключена ядром, когда исполняемый файл получает дополнительные полномочия или возможности как меры по обеспечению безопасности. Если Вы захотите использовать этот исполняемый файл в качестве некорневого затем, то необходимо будет добавить местоположение libjli.so к конфигурации загрузчика, расположенной в /etc/ld.so.conf*.
Если вы регулярно используете рабочий стол и соответствующее приложение, то используйте find . Если это что-то выводит, то вы знаете, что какой-то файл был использован.
Caveat 1: не работает, если ваш домашний раздел смонтирован с noatime.
Caveat 2: если найдет некоторые файлы, это не значит, что они действительно важны.
Caveat 3: Если находит опускает некоторые файлы, это не означает, что они действительно бесполезны.
Вы выбрасываете запчасти из машины, когда не знаете, что они делают? Нет? Тогда не делай то же самое со своей файловой системой.
Стоимость файла, который не используется, обычно ничтожно мала, особенно по сравнению со стоимостью потери файла, который необходим. Рассматривайте возможность удаления потенциально лишних файлов только в том случае, если их большое количество (сотни - это не большое число) или они очень большие (значительная часть вашего хранилища или места для резервного копирования).
.gimp-2.4 , вероятно, безопасно удалить, если Вы больше не используете эту версию Gimp. Это нормально иметь некоторые каталоги Gnome, если Вы не используете Gnome в качестве оконного менеджера (то же самое касается KDE и любого другого инструментария GUI): Gnome также является инструментарием GUI и любое приложение, использующее этот инструментарий, может использовать каталоги .gnome*.
Если вы действительно хотите удалить файл, переименуйте его и подождите несколько недель. Если ничего не сломалось, удалите файл (но убедитесь, что у вас есть резервные копии).