Переместитесь Метаклавиша к Windows вводит Ваши настройки клавиатуры (“Предпочтения клавиатуры → Разметки → Опции → поведение ключа Высокого звука/Победы →, Meta отображается на ключах Win”. Менеджер окон будет все еще использовать Высокий звук, и Emacs будет использовать Meta.
Копия Delta является хорошим инструментом, который позволит Вам делать это. Просто удостоверьтесь, что поле Linux имеет видимую долю на машине окон - например, использование самбы.
BackupPC был бы опцией. Это может также использоваться для резервного копирования Linux и других платформ. Я зарегистрировал свою реализацию.