Для остановки и запуска с крона, необходимо смочь запустить его при установке переменной среды ДИСПЛЕЯ соответственно:
env DISPLAY=":0.0" transmission-gtk &
и если Вы отправите ему SIGINT, то это закроет тот же путь, как будто Вы выбрали Quit из его меню, правильно заключительных соединений и общих количеств загрузки к средствам отслеживания:
killall -INT transmission-gtk
В "Предпочтениях Передачи" под "Скоростью" существует раздел "Alternative Speed Limits", который позволяет Вам установить другой набор скорости в течение определенного времени. Я думаю, что Вы могли установить его на 0 и для загрузки и для загрузки, если Ваше единственное беспокойство является конкуренцией пропускной способности в течение некоторого времени.