Согласно developer1, это не в настоящее время возможно в tmux.
[1] http://sourceforge.net/mailarchive/message.php?msg_id=27427973
Большинство приложений должно быть изменено их разработчиками для проигрывания приятно с новым GNOME обмена сообщениями Shell и парадигмы уведомлений. Некоторые приложения были изменены, большинство не имеет.