Nautilus будет обычно просто копировать, если Вы не скажете ей сжиматься, который является, вероятно, что Вы сделали случайно.
Файл является файлом и не каталогом, Наутилус может просто отобразить содержание файла, как будто это был каталог. Так откройте файл и перетащите содержание к реальному каталогу, например, то, которое Вы сделали в соответствии с Windows прежде, чем загрузиться в Ubuntu. chmod
команда не имеет никакого влияния вообще на содержание файла, как Вы уже заметили, (более старые версии), Windows не может читать, такие файлы сжали архивы, и придись нелегко, когда надлежащее расширение отсутствует.
Я не удалил бы gzip архивный файл, пока Вы не проверили, что у Вас есть видимые копии изображений где-нибудь.