Как выполнить команды ntp как некорневые?

Существует что-то существенно порванное Ваш проблемный оператор. Предположим, что Ваши серверы находятся в синхронизации, и затем Вы создаете файл aaaa.jpg на Узле 2. Следующая синхронизация должна удалить тот побочный файл из Узла 2 (так как это не существует на Узле 1, это, должно быть, было удалено), или это должно скопировать файл в Узел 1 (так как это не существует на Узле 1, это должно быть недавно создано)?

Порядок, в котором Вы выполняете синхронизации, определит то, что происходит в каждом случае. Это, как практически гарантируют, не даст желаемый результат во многих случаях. Хуже, если синхронизации, выполненные параллельно (так, чтобы один из хостов был обновлен его собственным заданием синхронизации и в то же время, пересекается заданием синхронизации, работающим на другом хосте), результат будет выглядеть довольно случайным.

Rsync существенно разработан для односторонней синхронизации. Вы не можете только выполнить два rsync задания и надеяться сделать двухстороннюю синхронизацию.

Унисон является синхронизатором файла, разработанным для двухсторонней синхронизации. Это - самая близкая вещь к правильному инструменту для Вашей задачи. Настройте его и работайте unison -auto remote.example.com://path/to/directory /path/to/directory на одном из хостов.

Какой инструмент Вы используете, существует потенциал для конфликтов, например, если тот же файл заменяется двумя различными версиями на двух различных машинах. Нет никакого хорошего автоматизированного способа разрешить такие конфликты, таким образом, ручное вмешательство будет требоваться.

В большинстве установок правильная вещь состоит в том, чтобы определять единственный сервер как место загружать, и синхронизировать все другие серверы от того главного сервера. Если кто-то загружает файл на ведомое устройство, заставьте его передать загрузку на ведущее устройство; ничего не изменяйте локально. Каждый раз, когда файл изменяется на ведущем устройстве, выставьте его к ведомому устройству (устройствам).