Есть недокументированный флаг - verifydb
, который существует, по крайней мере, с версии rpm-4.1.
См. rpm / rpmdb.c
:
{ "verifydb", '\0', (POPT_ARG_VAL|POPT_ARGFLAG_OR|POPT_ARGFLAG_DOC_HIDDEN),
&mode, MODE_VERIFYDB, N_("verify database files"), NULL},
Итак, rpm --verifydb
должен делать именно то, что вы ищете.