Модель Expect взаимодействия не включает разделение stdout и stderr потоков. При порождении процесса Вы создаете новый pseudo-TTY, который ведет себя почти тождественно к тому, что пользователь видел бы в их терминале, и пользователь не может обычно различать два.Попробуйте:

$ echo "This is stdout"
This is stdout
$ echo "This is stderr" 1>&2
This is stderr

Не делая чего-то для маркировки различия Ожидайте, не может отличить их (точно так же, как пользователь на командной строке). Поэтому Ожидайте, может быть неправильный инструмент для того, что необходимо сделать.

Теперь, не зная точно, почему Вам нужно это, трудно придумать альтернативный метод для Вас. Поскольку, в чем Вы нуждаетесь, похоже, что можно выполнить это с единственной командой ssh:

ssh -q -o StrictHostKeyChecking=no $username@$hostname "ls -lrt; df -h" 1>>successlog 2>>errorlog

Для другого языка сценариев со встроенной поддержкой порождения дочернего процесса и получения его stdout и stderr отдельно, попробуйте Python и его модуль подпроцесса.

import shlex
from subprocess import Popen, PIPE
cmd = Popen(shlex.split('ssh -q -o StrictHostKeyChecking=no $username@$hostname "ls -lrt; df -h"'), stdout=PIPE, stderr=PIPE)
cmd.wait() # Wait for the command to complete
success_output = cmd.stdout
error_output = cmd.stderr

Но если Вы действительно, действительно захотите выполнить, то это Ожидает, я думаю, что лучший подход может быть должен проверить значение выхода последнего процесса и записать в Ваш файл регистрации ошибок, когда это является ненулевым. Вот пример чего-то как этот:

spawn ssh -q -o StrictHostKeyChecking=no $username@$hostname
# Receive password prompt and send the password here...
expect {
    -ex $prompt { send "ls -lrt\r" }
    timeout {
        send_user "Everything is terrible forever.\n"
        exit 1
    }
}
expect {
    -ex $prompt {
        set output $expect_out(buffer)
        send {echo RETVAL::$?::}
        send "\r"
    }
    timeout {
        send_user "Everything is terrible forever.\n"
        exit 1
    }
}
expect {
    -ex {RETVAL::0::} {
        set fp [open successlog a]
        puts $fp $output
        close $fp
    }
    -re {RETVAL::[1-9][0-9]*::} {
        set fp [open errorlog a]
        puts $fp $output
        close $fp
    }
    timeout {
        send_user "Everything is terrible forever.\n"
        exit 1
    }
}