'setcap' перезаписывает последнюю возможность. Как я устанавливаю несколько возможностей?

Это - то, как работают hardlinks. Но, существуют пути вокруг этого:

Несколько опций приходят на ум:

• Используйте файловую систему с поддержкой файлов копии на записи, как btrfs. Если бы, конечно, были Вы использующий btrfs, то Вы просто использовали бы его собственные снимки... Если Ваша файловая система поддерживает его, можно использовать cp --reflink=always. К сожалению, ext4 не поддерживает это.
• Только совместно используйте hardlinks через свои снимки, не с оригиналом. Таким образом, в первый раз Вы видите данную версию файла, копируете его в снимок. Но в следующий раз, свяжите его с тем в предыдущем снимке. (Не уверенный, какую программу я раньше делал, это — десятилетие назад — но поиск поднимает dirvish, obnam, storebackup, и rsnapshot),
• В зависимости от того, как изменяются Ваши файлы, Вы смогли гарантировать, что запись работает временно/переименовывает, используется для изменения их, затем это повредит hardlink — таким образом, версия в снимке останется нетронутой. Это менее безопасно, тем не менее, поскольку ошибки могли повредить Ваш снимок.
• Возьмите снимки LVM всей файловой системы.

Конечно, существует другая опция — используют надлежащую систему резервного копирования. Большинство всем им может удаться только скопировать измененные файлы.