Почему chmod требует дискового пространства? Не на месте алгоритм?

Я не проверил, относится ли это все еще 3.5, но я думаю, что make-файлы ядра только поддерживают Lilo, не Личинку. После того как Вы вручную скопировали bzImage файл, и initrd или initramfs, если Вы используете один, необходимо сообщить Личинке нового ядра. С простыми установками это - просто вопрос выполнения update-grub. Так как Вы загружаете ядро одного distibution с загрузчиком другого распределения, это не может работать, таким образом, Вы, возможно, должны отредактировать конфигурационный файл Личинки вручную. Это /boot/grub/menu.lst для наследия Личинки (Личинка 0.9x) и /boot/grub.grub.cfg для Grub2 (Личинка 1.9x).

Для Grub2 Вам нужна запись как

menuentry "Homemade 3.5 kernel" {
    insmod ext2
    set root='(hd0,msdos5)'
    linux /boot/bzImage root=/dev/sda3 ro
}