Обновление CentOS командой YUM, не удаляя предыдущую версию

Каждая строка файла содержит строку

^M     1

дважды. Таким образом,

<carriage-return><tab>1
^M^I1
\r\t1

(Это - три различных представления тех же управляющих символов),

Когда это отправляется непосредственно на Ваш терминал, как cat сделает, терминал интерпретирует это как инструкцию попятиться к началу строки, отодвинуться 8 символов и отобразить a 1.

Когда Вы cat исходный файл, это дополнительное 1 обнаруживается сверху существующего 1, таким образом, Вы не заметили его.

После изменения префикса от scaffold кому: scaffold_, дополнительное 1 теперь обнаруживается по _, таким образом, теперь Вы заметили его.

Когда Вы открываете файл в vi или emacs, редактор не интерпретирует <carriage-return> упорядочьте тот же путь, но вместо этого отображает его.

Я предполагаю, что Вы не хотите <carriage-return><tab>1 строки в Вашем файле. Можно удалить их с sed:

sed -i 's/\r\t1//g' myfile

Относительно Ваш "Я не могу доверять своим глазам" комментарий - начиная с изменения управляющих последовательностей, как вещи отображены, да, они могут сбивать с толку. Один способ просмотреть вещи более ясно с cat -v и -T опции:

-v, --show-nonprinting   use ^ and M- notation, except for LFD and TAB
-T, --show-tabs          display TAB characters as ^I
-t                       equivalent to -vT

Например:

$ cat myfile
scaffold1test
$ cat -t myfile
scaffold_hello^M^I1