btrfs: несоответствие поколению и generation_v2 найдено в корневом объекте

Одним путем я предложил бы, путем разархивации, перемещения файла и затем пересжатия.

Как пример, скажем, у нас есть этот zip-файл:

Archive:  foo.zip
  Length      Date    Time    Name
---------  ---------- -----   ----
        0  2013-01-30 14:38   very/
        0  2013-01-30 14:38   very/many/
        0  2013-01-30 14:38   very/many/paths/
        0  2013-01-30 14:38   very/many/paths/foo.txt
        0  2013-01-30 14:38   file.txt
---------                     -------
        0                     5 files

Для распаковки файла давайте создадим каталог в /tmp сначала. Затем мы выполним следующие действия:

1. Разархивировать foo.zip к нашему временному каталогу
   d=$(mktemp -t -d foo.zip.XXXXXX) && unzip -d $d foo.zip
2. Переместите файл в, он - новый путь (относительно временного dir $d)
   mv ${d}/file.txt ${d}/very/many/paths/
3. В подоболочке: cd работать временно dir и Пересжатие все в новый zip-файл
   ( cd $d && zip -r foo.zip ./* )
4. Переместите новый zip-файл от временного dir для замены старого
   mv ${d}/foo.zip ./
5. Очистка :-)
   rm -rf ${d}