У меня была та же проблема сегодня, но больше к стороне гнома/корицы вещей.
Можно запросить и изменить тип пантомимы по умолчанию как это:
gvfs-mime --query inode/directory
gvfs-mime --set inode/directory nemo.desktop
Можно использовать клавишу Shift вместе с клавишами со стрелками для навигации через Наутилус.
Сдвиг + ← закрывает развернутый каталог (но не повышается дерево),
Сдвиг + → открывает свернутый каталог (но не входит),
Используя Высокий звук с левыми и правыми обходами клавиш со стрелками через историю каталогов, к которым получают доступ, но это не делает никакого сворачивания/разворачивания дерева (и всегда смущает меня).