почему ls сообщает об огромном файле, и du не делает?

Я предполагаю это add.bin редкий файл.

Большинство файловых систем Unix поддерживает редкие файлы (почти произвольных размеров). В основном можно искать на произвольное смещение прежде, чем начать писать, и блоки, через которые Вы перескакиваете, не будут на самом деле отображены на диске. При попытке считать их, то они будут полны 0s. Если Вы запишете в них, то они волшебно возникнут (но только те Вы пишете в).

Вот пример:

$ dd of=sparse obs=1K seek=1M if=<(echo foo)
0+1 records in
0+1 records out
4 bytes (4 B) copied, 0.000411909 s, 9.7 kB/s
$ ls -lh sparse
-rw-r--r-- 1 rici rici 1.1G Nov 23 17:22 sparse
$ du -h sparse
4.0K    sparse

Файл, который я создал, имеет один 4-килобайтный блок на диске, которого только первые четыре символа используются. Но если Вы читаете файл нормальным способом (последовательно с начала), необходимо будет прочитать гигабайт нулей перед обнаружением foo.

На Linux, du обычно может сообщить об использовании фактической дисковой емкости редкого файла. Можно сказать этому сообщать об "очевидном размере" (который будет более подобен какой ls -l отчеты) путем передачи его -b опция. Это - расширение Гну; Posix не требует du быть точным в его создании отчетов редких размеров файла. ("Это до реализации для определения точно, насколько точный ее методы".)

По-видимому, arm-none-eabi-objcopy делает что-то довольно подобное dd пример выше, в котором это разворачивает отформатированный ELF exe в изображение RAM, и заполняет изображение путем поиска вместо того, чтобы заполнить файл нулями. Это - на самом деле, классический вариант использования для редких файлов, которые могут быть с отображенной памятью (mmap) не подвергаясь стоимости для неиспользованных блоков.