Это сработало для меня в Ubuntu:
bcdedit /set "{bootmgr}" path \EFI\ubuntu\grubx64.efi
Что-то подобное в Debian может работать.
Возможно, вам просто нужно установить библиотеку разработки libatlas:
sudo apt install libatlas-base-dev
Затем повторите:
pip install scipy