Это должно достичь того, что требуется:
#!/usr/bin/env bash
while read line; do
declare -a array=($line)
if test ${#array[@]} != 3; then
read line2
array+=($line2)
fi
f1=${array[0]}
f2=${array[1]}
echo $f1 $f2
done
run with : test.sh < inputfile
Проверяет, содержит ли строка три элемента, если нет, присоединяется к следующей строке.