Где я могу найти параметры, используемые для замены устройств?

Добро пожаловать на сайт.

Я думаю, что вы смешиваете "подстановочные знаки" (, также известные как " оболочки " )с регулярными выражениями при использовании sed.

Очевидно, вы намерены заменить шаблон «подчеркивание, за которым следует любое количество букв и цифр, за которым следует .gc_corrected.bam» на _input.gc_corrected.bam. К сожалению, ваше выражение sedимеет два недостатка:

• В вашей соответствующей части используется типичная для оболочки -нотация "шаблонного знака". Однако sedожидает здесь регулярное выражение, а в регулярных выражениях *означает не «любую строку из нуля или более символов», а «ноль или более повторений предыдущего символа».,так что ваше выражение заменит любой шаблон, состоящий из «ноль или более знаков подчеркивания, за которыми следует .gc_corrected.bam» заменой _input.gc_corrected.bam. Вот почему в вашем случае просто последнее подчеркивание перед суффиксом имени файла заменяется на _input.
• Тем не менее, если у вас есть несколько символов подчеркивания в вашем фактическом имени файла, шаблон, соответствующий «строке, состоящей из любого количества символов», также будет включать символы подчеркивания, что может привести к нежелательному поведению при длине совпадающей строки. В частности, регулярные выражения являются жадными, и если они не составлены тщательно, вы можете в конечном итоге заменить всю _mESC_Rep_1_H3K27Acчасть имени файла на _input.

В вашем случае правильным регулярным выражением будет:

sed 's/_[^_]+\.gc_corrected\.bam/_input.gc_corrected.bam/g'

Это заменит строку, начинающуюся с символа подчеркивания _, за которым следует один или несколько символов , которые не являются символами подчеркивания ([^_]+), за которыми следует .gc_corrected.bam, с вашей заменой _input.gc_corrected.bam.

Обратите также внимание , что в регулярных выражениях .означает «любой одиночный символ» (, который в глобах оболочки будет представлен ?), поэтому, если вы хотите сопоставить литерал ., вы должны избежать его. Это, конечно, не обязательно в строке замены, так как , что не является регулярным выражением.