Nixos, как настроить пользовательскую сессию рабочего стола?

Хотя я не уверен, какую оболочку вы используете, предполагая bash, вам нужно указать $HOME, а не ~, так как кроме интерактивной командной строки небезопасно использовать ~где-либо еще.

Некоторые местоположения, такие как внутренние скрипты, ~также будут работать, но определение их внутри переменной может привести к неожиданным результатам, как вы уже поняли.

Вы также можете вернуться назад $PATH, чтобы увидеть содержимое.

echo $PATH

Вы увидите, что в вашей текущей реализации он будет включать путь ~/.local/binвместо собственного -, расширенного /root/.local/bin, поскольку ~воспринимается буквально.