В Ubuntu версии 18.04 TLS я обнаружил, что обновление -rc.d не работает нормально, если в стартовом скрипте нет определенного блока комментариев, который выглядит следующим образом:
### BEGIN INIT INFO
# Provides: myprogram
# Required-Start: $ local_fs $ remote_fs $ syslog $ network $ time
# Required-Stop: $ local_fs $ remote_fs $ syslog $ network
# Default-start: 2 3 4 5
# Default-Stop: 0 1 6
# Short-Description: myprogram some description
### END INIT INFO