Mintsources не работает по неизвестной причине

Ваша проблема заключается в том, что вы затираете выходной файл на каждой итерации цикла, оставляя только самые последние изменения в outputи ни одно из более ранних.

Вместо этого вы можете легко преобразовать файл templateв набор команд sed:

$ awk '{ printf("s/%s/%s/g\n", $1, $2) }' template
s/MSTRG.1/AT1G01030/g
s/MSTRG.2/AT1G01010/g
s/MSTRG.3/AT1G01035/g

... а затем примените их к своему файлу:

$ awk '{ printf("s/%s/%s/g\n", $1, $2) }' template | sed -f - input
gene_id "AT1G01030";
gene_id "AT1G01030";
gene_id "AT1G01010";
gene_id "AT1G01035";

Некоторые реализации sedне распознают -как стандартный ввод. Чтобы использовать этот подход с таким sed, замените -f -на -f /dev/stdin.

Или вы можете просто сделать все это вawk:

$ awk 'FNR == NR { pat[$1] = $2; next } { for (p in pat) gsub(p, pat[p]); print }' template input
gene_id "AT1G01030";
gene_id "AT1G01030";
gene_id "AT1G01010";
gene_id "AT1G01035";

Обратите внимание, что во всех приведенных выше вариантах используется то, что находится в первом столбце templateв качестве регулярного выражения , что означает, что.(точка )будет соответствовать любому персонаж.