Поскольку вы используете snapper, для управления снимками лучше использовать его инструменты. В любом случае невозможно удалить снимки BTRFS с помощью rm
;)
Чтобы удалить все снимки (, кроме «текущего» ), запустите:sudo snapper delete 1-290
Измените строку f -, чтобы она также включала необработанные строки, чтобы escape-последовательность \n
воспринималась буквально, а не расширялась, что и происходит, потому что sed придирается. По сути, \n расширяется, и sed видит тупик в левой части команды s///.
Полагаю, приведенное ниже должно помочь вам приступить к работе.
command=(fr"sed ':a; $!N; /^>/!s/\n\([^>]\)/\1/; ta; P; D' test.fasta")
P. S. Не уверен, что такое переменная python «одна _строка», но вам нужна переменная «команда» вместо нее.