Отдельная блокировка -Доступы ввода-вывода к файлу согласованы во время выполнения без явной синхронизации в Linux

Использование GNU datamash,split(GNU coreutils )иawk:

#!/bin/bash

# remove header line and split `input_file` into n files `split00000`, `split00001`...
# with max. 4 lines each (use `-l50` for your data file)
split -d -a5 -l4 <(tail -n+2 input_file) split

{   head -n1 input_file      # add header
    for fsplit in split*; do
        mean=$(datamash -W mean 7 < "$fsplit") # calculate mean value
        awk -v mean="$mean" '{ print $1,$2,$3,$4,$5,$6,mean,$8,$9 }' "$fsplit"
    done
} | column -t > output_file  # format as table and write result

rm split*                    # cleanup

В этом скрипте я использовал ваши данные (удалены пунктирные линии )в качестве входных данных и только 4 значения для среднего значения.
Замените -l4на -l50для вашего файла данных в сценарии. Это почти то же самое, что и вы, я просто позволяю splitи datamashделать всю работу.

Входной файл:

$ cat input_file
trait     effect     snp       chr      pos   snp_effect      weight          variance_explained        var_a_hat
  1         2         1         1        54  0.2030156E-02   1.251482                  0                    0
  1         2         2         1       689 -0.3726744E-03  0.9660012                  0                    0
  1         2         3         1      1234  0.4801369E-03  0.9823542                  0                    0
  1         2         4         1      1280 -0.1104844E-03  0.9272357                  0                    0
  1         2         5         1      2610 -0.1296295E-02   1.115933                  0                    0
  1         2    481971        26   4897157 -0.7846317E-04  0.9226092                  0                    0
  1         2    481972        26   4898314 -0.3934468E-03  0.9691408                  0                    0
  1         2    481973        26   4898376 -0.7204678E-03   1.019935                  0                    0
  1         2    481974        26   4898606 -0.1522481E-03  0.9333048                  0                    0

Результат:

$ cat output_file
trait  effect  snp     chr  pos      snp_effect      weight       variance_explained  var_a_hat
1      2       1       1    54       0.2030156E-02   1.031768275  0                   0
1      2       2       1    689      -0.3726744E-03  1.031768275  0                   0
1      2       3       1    1234     0.4801369E-03   1.031768275  0                   0
1      2       4       1    1280     -0.1104844E-03  1.031768275  0                   0
1      2       5       1    2610     -0.1296295E-02  1.0069045    0                   0
1      2       481971  26   4897157  -0.7846317E-04  1.0069045    0                   0
1      2       481972  26   4898314  -0.3934468E-03  1.0069045    0                   0
1      2       481973  26   4898376  -0.7204678E-03  1.0069045    0                   0
1      2       481974  26   4898606  -0.1522481E-03  0.9333048    0                   0