Я нашел путь. Вы узнаете, как ваша программа вызывается в терминале, а затем убиваете ее командой:
killall name
Итак, в моем случае программа называлась prepa.exe и для этого я так и сделал:
$ echo "killall prepa.exe" > tmpRUN.sh
$ echo "whatever other commands you want to continue to run after exiting the external program" >> tmpRUN.sh
$ sh tmpRUN.sh
Таким образом, первое, что он делает, это выходит из внешней программы, а затем продолжает делать то, что я написал в tmpRUN.sh