Как запустить fsck при загрузке с помощью BTRFS?

Со стандартнымsed:

$ sed '/^>/{ s/[^:]*:/>/; s/:.*//; }' file.fa
>TRINITY_DN10034_c0_g1_i1
CCAGCGCCACGGAGGGCGAAGGCGAAGGCGGTGGTTTTGAACGATGAGGTGCCGCCGGTG
>TRINITY_DN10322_c0_g1_i2
GATCCGCCTTCTATAACTGGAAAAGAAGAGGATGAGGTGCCGCCGATGAGTCTACCTTCT

Это применяет две замены s/[^:]*:/>/и s/:.*//ко всем строкам в file.fa, которые начинаются с>(строки заголовка fasta ).

Первая замена заменит начало строки до первого символа :включительно на >.

Вторая замена удалит все, начиная с первого :в результирующих данных (и второго :в исходной строке )до конца строки.

Это оставило бы второе:-поле с разделителями с префиксом >.


Со стандартнымawk:

$ awk -F ':' '/^>/ { $0 = ">" $2 } { print }' file.fa
>TRINITY_DN10034_c0_g1_i1
CCAGCGCCACGGAGGGCGAAGGCGAAGGCGGTGGTTTTGAACGATGAGGTGCCGCCGGTG
>TRINITY_DN10322_c0_g1_i2
GATCCGCCTTCTATAACTGGAAAAGAAGAGGATGAGGTGCCGCCGATGAGTCTACCTTCT

Это будет использовать :в качестве разделителя полей, и при встрече со строкой, начинающейся с >, она заменит полную строку на >, за которой следует второе:-поле с разделителем. Все строки, измененные или нет, будут напечатаны.

0
30.11.2021, 20:53
0 ответов

Теги

Похожие вопросы