Хм.
$ test="test1 test2
> test3 test4
> test5 test6"
$ echo $test
test1 test2 test3 test4 test5 test6
$ echo $(shuf -e $test)
test4 test5 test2 test6 test1 test3
$ echo $(shuf -e $test)
test5 test2 test4 test3 test6 test1
Может быть, случайно так получилось, что "случайно" выбранная для вас перестановка оказалась перестановкой тождества? Вы пробовали несколько раз?