Как минимизировать нагрузку на файловую систему

Вот важная часть вашего сообщения об ошибке:

Aborting downgrade from (at least) 5.7 to 5.6.
If are sure you want to downgrade to 5.6, remove the file
/var/lib/mysql/debian-*.flag and try installing again.

Удалите файл и повторите попытку. Тогда дайте нам знать.