fdisk
действует на диск в целом, а не на отдельные разделы. То есть используйте fdisk -l /dev/sdb
.
Проблема решена. Общий ресурс samba указывал на /media, который содержал две общие папки virtualbox на двух разных дисках,поэтому Samba не могла подсчитать, сколько места осталось на одном диске и на другом диске.